火龙果病原菌丝为黑棕色、分枝、隔膜,脱节后形成节孢子。孢子为单胞、无色透明、圆柱形、圆形或卵圆形,大小为2.11-7.37μm x 5.26-12.63μm,分生孢子器可在寄主上产生,分生孢子为单胞,无色透明,椭圆形或长椭圆形,大小5.50-9.91μm x 10.50-16.31μm。